W kierunku Ziemi zmierza tajemniczy obiekt. Powstrzymać go próbuje załoga statku Enterprise pod dowództwem kapitana Kirka.

Do Ziemi zbliża się niezidentyfikowana forma energii, przypominająca obłok. Admirał Kirk przejmuje dowodzenie nad świeżo wyremontowanym USS Enterprise, aby zlikwidować zagrożenie i po raz kolejny uratować Ziemię przed zagładą. Jednak spotkanie z tajemniczym obiektem kończy się całkowitym obezwładnieniem statku, zaś obca sonda porywa jednego z członków załogi...