Podążaj za Neo, który prowadzi zwyczajne życie w San Francisco, gdzie jego terapeuta przepisuje mu niebieskie pigułki. Jednak Morfeusz oferuje mu czerwoną pigułkę i ponownie otwiera jego umysł na świat Matrix.
Członkowie Ruchu Oporu stawiają czoła nowej organizacji militarnej zwanej Ostatecznym Porządkiem, dowodzonej przez odrodzonego Imperatora Palpatine’a.
